目次
第61話「大激戦！！E5×500VSカイレン」
ソウギョクの策によりカイレンと対峙することになったハヤトとホクトたちは戦いに挑む。強敵を前にハヤトの適合率は上昇し100を超える。シャショットがハヤトのリミッターであると感じたハヤトとシャショットはシャショットを一度オフにし、100を超えた状態で超グランクロスを放ちカイレンを撃退する。一度戻ったハヤトたちだったが、シャショットは目覚めなかった。
ソウギョクの策により、東京に現れたのはソウギョクとカイレンではなくソウギョクと復活したトラメだった。敢えて戦闘態勢をとってこないソウギョクたちに下手に動けずいるセイリュウたちだったが、このままでは拉致があかないとセイリュウはソウギョクたちの前に立ちはだかる。ソウギョクはカイレンの目的とは別に「ブラックシンカリオンがほしい」とセイリュウに告げる。
ハヤトたちの前に立ちはだかるカイレンとの戦いが始まる。カイレンは地上で人間が環境を破壊し、同じ人同士で争っている様子を見てシンカリオンが生まれた意味を考え「創生」を望んでいた。強敵に苦戦を強いられるが、ハヤトとホクトのクロス合体はバージョンアップしており、以前は一度で動けなくなってしまっていたが、数回は撃てるよう改良された為、超グランクロスを放つとさすがのカイレンにもダメージを与えることに成功する。戦いが続くと、ハヤトの適合率が急上昇し、ついに100%に到達するとかつてセイリュウとの戦いの時に起きた現象が再び起きる。フタバたちの交信も途絶え一人だけの空間になったハヤトは何かを掴み始めていた。再度、戦いに戻ったハヤトに同じく何かを掴んだシャショットは自分がハヤトのリミッターであることに気付く。今のハヤトなら100%を超えた状態でグランクロスを撃っても大丈夫だと背中を押し、シャショットを一度オフにして適合率が100%に到達したタイミングで超グランクロスを放つ。するとカイレンは満足気に撃退されるのだった。充電が不十分であることからイザに会いに行くのは一旦中止し、ハヤトたちは戻るがシャショットは初期化されてしまっていた。
シャショットフラグ立ちまくりでやっぱり死んだというか初期化してしまった…。カイレンは一応撃退ってなっているが意味深だし、トラメも石化から復活していることを考えると…いやそれはゲンブたちの復活フラグでもあって…あーまだまだ目が離せない！！
第62話「さらば！！シャショットよ永遠に…」
シャショットの修復は不可能とされハヤトは落ち込んだままシャショットと二人で思い出の地を巡っていた。そんなハヤトを心配して、アキタたちみんなが暗くなっていた。そんな中アズサが立ち上がり、ハヤトのために動画を作成する。みんなからの気持ちを受け取ったハヤトはイザに会いに行くことを決意する。
レイや三島研究員でもシャショットの修復は不可能とされハヤトはひどく落ち込んでいた。三島研究員の仮説ではシャショットははじめからこうなるように作られていたのではないかとの見解だった。シャショットの状況を聞いたアキタたちはみなハヤトを心配し、何もできないもどかしさから全員暗くなっていた。そんな状況を見兼ねたアズサが全員に喝を入れる。わざわざ九州までハヤトの元にやってきたアズサは作成したYouTube動画を見せる。そこには超進化研究所大宮支部のメンバー全員が「鉄道唱歌」を歌っていた。最後にはアキタ、ツラヌキ、シノブ、セイリュウから走り続けろと熱いメッセージを受け取り、ハヤトはシャショットがこうなることを想定して作ったであろうイザに再び会いに行くことを決意する。ホクトと出水司令長と共に鹿児島へ向かうハヤト。そして同時にソウギョク、トラメが分散して地上にやって来ていた。再度カイレンが地下でハヤトたちを待ち受けているかとも思ったがカイレンは東京にある本部へと向かって来ていた。すでに捕縛フィールドを２つ展開してしまっている為、東京には迎撃システムを作動するようフタバは指示を出した。
アズサのアキタたちへの喝の入れ方が(笑)
アキタ「アキタは話よんでなんぼでしょ！それでスイーツ食っときゃいいの」
ツラヌキ「ツラヌキはあんたの好きな4文字熟語言ってりゃいいの！ちなみに正しくは4文字じゃなくて四字熟語だから！この際だから言っとくけど」
セイリュウ「つい最近までシンカリオンぶっ潰すみたいなこと言ってたんでしょ！なのに何であんたまで沈黙モードになってんのよ！バッカじゃないの！」
シノブ「えっと…山形の方言ってかわいいよね」
フタバ「フタバさんは普段着もっと考えよ！けっこう美人なのになんか台無し！まぁそれが売りだってならしょうがないけど」
第63話「巨大展開！東京駅・中央迎撃システム」
東京迎撃システムを作動し、トラメとソウギョクを仲間に託しイザに会いに行くハヤト。そこでシャショットは二度と戻らないこと、そしてシンカリオンは人とキトラルザスの運命を見定めるために作られたものだと聞かされる。カイレンがついに東京に辿り着き仲間が応戦しようとしていることを知り、すぐに戻ろうとするハヤトにイザから新たなシンカリオンが渡される。
東京迎撃システムを発動することに本部は難色を示すが、捕縛フィールドの限界を意識させず全力で戦わせたいというフタバの気持ちが伝わり総司令長より許可が降りる。ソウギョクの相手をアキタ、ツラヌキ、シノブそしてセイリュウで引き受け、トラメの相手は清洲兄弟、ギンとジョー、タカトラで引き受けた。仲間を信じてハヤトたちはイザへ会いに地底へと向かった。ついにイザとの対面を果たすが、そこでシャショットは役目を終えた為、もう二度と戻らないと宣告される。そしてシンカリオンはキトラルザスと人間がどのような道を辿るかを見届ける為に開発されたものだと聞かされる。その頃カイレンは東京駅に到着し、ソウギョクとトラメを撃退したみんなが東京に辿り着いていた。ハヤトたちも急いで戻りたいと思うが、今からでは手遅れだと出水司令長が言うとイザの口から新たなシンカリオンを使えば間に合うと告げられる。
第64話「超絶進化！E5はやぶさMkII」
新たなシンカリオンを受け取ったハヤトは東京へと戻りついにカイレンを撃退する。シャショットも元に戻り、黒の粒子に蘇生効果が期待された。シンカリオン運転士たちは一度解散となったが新たな敵の気配がしていた。
ハヤト以外の運転士全員でカイレンに立ち向かうが心をなくすことで強さを極めたカイレンにかなり苦戦を強いられていた。
ハヤトはイザからカイレンをセイリュウと共に止めてほしいと新たなシンカリオンE5はやぶさMk IIを託される。スザクの力を借りて地底から東京へと向かう。ホクトも続けて向かい、残された出水司令長はイザとさらに話を進めようとするが、カイレンが地底から黒の粒子の力を吸い取っているためイザたちがいる地底は崩れ始めていた。出水司令長はイザを連れて地上へ出ようとするが石化が進んだイザは一緒には行けないとその申し出を拒んだ。そして崩れゆく中イザは最後に出水司令長に言葉を残した。スザクに連れられその場を去ると、イザの背後には何者かが立ち尽くしていた。
地上に戻ったハヤトはホクトの援護の元、セイリュウと共にカイレンに立ちはだかる。適合率が2人とも100%を超えたところでグランクロスを放つがカイレンに押され気味になっていた。するとそこにシャショットが現れ、ハヤトに喝を入れる。突然戻ったシャショットの後押しもありついにカイレンを撃退する。シャショットが戻った理由については黒の粒子に蘇生効果があるのでは？と考えられゲンブも蘇るかもしれないと研究が進められる。カイレンを撃退し、シンカリオン運転士たちはそれぞれの生活に戻ることとなったが、新たな敵？がすでに忍び寄っていた。
これで本当にイザは死んでしまったのか…？出水司令長も言ってたけど、まだまだ聞きたいことが山ほどあります！！それとなんか怪しい影が…まさかリュウジ父？！